问题描述
我想从 heatmaply
为我的交互式热图返回特定数量的集群,就像我可以用 pheatmap
和 kmeans_k =
参数做的那样。有没有办法用 heatmaply
做到这一点?
如果我有一个很大的矩阵并且没有定义用热图返回的簇数,计算热图需要很长时间,否则我会得到错误:“向量内存耗尽(达到限制?)”。>
library(pheatmap)
data(mtcars)
mat <- as.matrix(mtcars)
pheatmap(
mtcars,border_color = "grey20",main = "",show_rownames = TRUE,show_colnames = TRUE,kmeans_k = 30,cluster_rows = F,cluster_cols = F
)
解决方法
您想使用 k_col
和或 k_row
参数。
您可以在 vignette 中看到示例,但只是一个简单的示例:
library("heatmaply")
heatmaply(mtcars,k_col = 2,k_row = 4)
输出: