如何在 pdb 文件中添加链、残基和原子？

问题描述

我想使用 OpenMM 添加一个包含所有残基和每个残基一个碳-α 原子的链。这里可以使用实例链接 openMM documentation 。目前我的 pdb 文件 pdb file 中有一个链。这是我尝试过的：

from simtk.openmm.app import *
from simtk.openmm import *
from simtk.unit import *
import numpy as np
import mdtraj as md

# Here I remove all other atoms except carbon-alpha and stored them in a new file 'CA_only.pdb'
main_pdb = md.load_pdb('1PGB.pdb')
atoms_to_keep = [atom.index for atom in main_pdb.topology.atoms if atom.name == 'CA']
new_pdb = main_pdb.atom_slice(atoms_to_keep)
new_pdb.save('CA_only.pdb')

# Then I try to add a chain and residue,but no results
pdb = PDBFile('CA_only.pdb')
top = topology.Topology
chain=top.addChain(id='A')
residue = top.addResidue(MET,0)

我可能使用了错误的残基名称。但我不知道出了什么问题。有人可以知道如何解决这个问题吗？谢谢！！

解决方法

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