问题描述
我正在尝试构建一个工作流程来分析我的 scRNA-seq 数据。我正在使用 GATK 和 samtools、vcftools、bcftools 的组合。我想过滤我的 .vcf 文件，以便它删除所有少于 10 个读取的条目。看起来 vcftools 可以用于此目的。我的代码是：
vcftools --vcf "$fn" --out "$fn"_dp10 --minDP 10 --recode --recode-INFO-all
然而，它不会过滤掉任何东西。对此有什么想法吗？
亲切的问候 科拉
解决方法
我刚刚找到了答案！
我不得不使用 --mean-minDP 而不是 --minDP。
亲切的问候 科拉