问题描述
我正在使用一个程序将存储在两个不同文件夹（输入文件夹）中的 dicom 文件转换为 nifti 格式并将它们保存到第三个文件夹（输出文件夹）。目前这个程序需要我手动指定这三个文件夹的文件路径。
我有一个包含多个患者/受试者的目录，每个目录包含两个（输入）文件夹。第三个（输出）文件夹不存在，但我已将 os.makedirs 添加到上述程序中，因此它会创建它。
我想创建一个可以自动执行此过程的脚本，这样我就不必为每个患者手动指定 3 个文件路径。我希望它获取目录中的每个患者文件夹并应用上述内容 - 即读取每个患者的两个输入文件夹中的 dicom 文件，然后将转换后的 nifti 文件保存到该特定患者的新文件夹中。>
#Importing libraries and modules:
import os
from dcmrtstruct2nii import dcmrtstruct2nii,list_rt_structs
#Next I want to create a for-loop that will walk through the directory patient folders/subfolders
#and that can then Feed into the below section to automatically specify the RTstructdicom folder,the imagedicom folder
#and that can create a new folder called "Nifti" that can store the output.
for folderName,subfolders,filenames in os.walk('/Users/sh/Drive/folderC'):
#**This is where I'm stuck**
#This next section will create the specified outputfolder e.g. 'Nifti',#Then load the RTstruct dicom from the specified folder,#Then load the images dicoms from the specified folder,#Then convert both to Nifti files saved in the specified output folder
RTstructdicom = ('/Users/sh/Drive/folderC/patient001/subfolder 1/RTSTRUCT_20210124_205145/RTSTRUCT/RTSTRUCT_20210124_205145.dcm')
imagedicoms = ('/Users/sh/Drive/folderC/patient001/subfolder 1/10022/DICOM')
outputfolder = ('/Users/sh/Drive/folderC/patient001/subfolder 1/10022/NIFTI')
print(list_rt_structs(RTstructdicom))
os.makedirs(outputfolder)
dcmrtstruct2nii(RTstructdicom,imagedicoms,outputfolder )
解决方法
我不清楚您想对这些多个子文件夹中的每一个做什么。
我希望这个例子能帮助你入门。
我尽力了
- 创建示例目录树
- 用
os.walk 遍历它
- 对特定的子文件夹做一些事情
我建议从 Path 中了解 pathlib 对象：https://docs.python.org/3/library/pathlib.html#basic-use
我想复制一个子目录的内容，所以我导入了shutil。
这是我创建的示例树：
folderC
├── patient001
│ └── subfolder 1
│ └── RTSTRUCT_085211_328790
│ └── RTSTRUCT
│ └── RTSTRUCT_085211_328790
│ └── RTSTRUCT_085211_328790.dcm
├── patient002
│ └── subfolder 2
│ └── RTSTRUCT_958381_489352
│ └── RTSTRUCT
│ └── RTSTRUCT_958381_489352
│ └── RTSTRUCT_958381_489352.dcm
└── patient003
└── subfolder 3
└── RTSTRUCT_731792_968907
└── RTSTRUCT
└── RTSTRUCT_731792_968907
└── RTSTRUCT_731792_968907.dcm
然后我使用以下代码对某些特定子文件夹进行处理：
import os
from pathlib import Path
import shutil
for root,dirnames,_ in os.walk("folderC"):
root_path = Path(root)
for dirname in dirnames:
dir_path = root_path / dirname
# Use conditionals at this point to select which directory you want to work with.
# For example.
# make a destination folder in all folders with "subfolder" in the name
if "subfolder" in dir_path.name:
destination = (dir_path / "10022" / "NIFTI")
destination.mkdir(exist_ok=True,parents=True)
# An example that copies the files from the deepest "RTSTRUCT_xxxx_xxxx" folder
# to the destination
if "RTSTRUCT_" in dir_path.name and dir_path.parent.name == "RTSTRUCT":
shutil.copytree(dir_path,destination,dirs_exist_ok=True)
这是结果。可以看到“RSTRUCT_xxx_xxxx”目录下的文件在“子文件夹x”目录下几乎创建好的一个。
folderC
├── patient001
│ └── subfolder 1
│ ├── 10022
│ │ └── NIFTI
│ │ └── RTSTRUCT_085211_328790.dcm
│ └── RTSTRUCT_085211_328790
│ └── RTSTRUCT
│ └── RTSTRUCT_085211_328790
│ └── RTSTRUCT_085211_328790.dcm
├── patient002
│ └── subfolder 2
│ ├── 10022
│ │ └── NIFTI
│ │ └── RTSTRUCT_958381_489352.dcm
│ └── RTSTRUCT_958381_489352
│ └── RTSTRUCT
│ └── RTSTRUCT_958381_489352
│ └── RTSTRUCT_958381_489352.dcm
└── patient003
└── subfolder 3
├── 10022
│ └── NIFTI
│ └── RTSTRUCT_731792_968907.dcm
└── RTSTRUCT_731792_968907
└── RTSTRUCT
└── RTSTRUCT_731792_968907
└── RTSTRUCT_731792_968907.dcm
Python 文档中也有一些简单的示例：https://docs.python.org/3/library/os.html#os.walk