将字符串转换为数组 perl

问题描述

我有一个脚本，它获取多 fasta 文件的标题并将它们推送到一个数组中。然后我想遍历这个数组来找到一个特定的模式并执行一些命令。

open(FH,'<',$ref_seq) or die $!;
while(<FH>){

    $line = $_;
    chomp $line;
    if(m/^>([^\s]+)/){
        $ref_header = $1;
        print "$ref_header\n";
        chomp $header;
        if($1 eq $header){
            $ref_header = $header;
            #print "header is $ref_header\n";
        } 
    } 
}

此代码打印标题，如

chr1
chr2
chr3

如何将这些标头推送到数组中？

我尝试了以下代码，但它拆分了单个字母，而不是 $header_array[0] 是 chr1

@header_array = split(/\n*/,$ref_header);
            print ("Here's the first element $header_array[0]");

任何帮助将不胜感激。

解决方法

如下所示缩短代码，删除一些额外的语句，并使用 push。您可以结合 push 和模式匹配：

#!/usr/bin/env perl

use strict;
use warnings;
use Carp;

my $in_file = shift;
my @headers;

open my $in_fh,'<',$in_file or croak "cannot open $in_file: $!";
while ( <$in_fh> ) {
    push @headers,/>(\S+)/;
}
close $in_fh or croak "cannot close $in_file: $!";

print "@headers";

# Now,loop through headers and select the ones you need,for example:

for my $header ( @headers ) {
    if ( $header =~ /foo/ ) {
        # do something
    }
}

关于修复原始代码的一些建议如下：

# Always use strict and use warnings.

# Remove extra parens and make the error message more informative:
open(FH,$ref_seq) or die $!;
while(<FH>){

    $line = $_;
    chomp $line;
    # [^\s] is simply \S:
    if(m/^>([^\s]+)/){
        $ref_header = $1;
        print "$ref_header\n";
        # where is $header coming from?
        chomp $header;
        # if the condition is satisfied,this assignment does not make sense:
        # $ref_header is already the same as $header:
        if($1 eq $header){
            $ref_header = $header;
            #print "header is $ref_header\n";
        } 
    } 
}

,

您可以使用push：

push @header_array,$ref_header;