在python3中设置OwningMol RDKIT

问题描述

我在用 python 编写的更广泛的类中有几个函数定义。对于一个函数，我嵌入了具有 n 个构象异构体的分子，然后我想确保这些构象异构体在函数调用后保留在解析的分子中。我认为这是通过引擎盖下的引用完成的，因此我不必专门设置符合者（请参阅下面的代码片段 1.）。然而，事实并非如此。我试图解析符合者，然后执行 setowningMol 但我收到一个错误，说符合者类没有属性 setowningMol 或 SetowningMol（参见代码段 2。）任何关于如何进行的想法都会很棒。

片段 1：

gen_conformers(rdkitmol,n)
rdkmol.GetNumConformers() #### returns 0 here,I thought this would be done by reference?

def gen_conformers(rdkitmol,n):
    cids = AllChem.EmbedMultipleConfs(rdkmol,numConfs=n)
    rdkmol.GetNumConformers() #### returns n here

片段 2：

confs = gen_conformers(rdkitmol,n)
for conf in confs:
    conf.SetowningMol(rdkitmol)  #### 'Conformer' object has no attribute 'SetowningMol' I tried with setowningMol also

def gen_conformers(rdkitmol,numConfs=n)
    return rdkmol.GetConformers()

解决方法

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python-3.x rdkit