无法通过 nipype 进行 FLIRT 注册google colab

编程问答 2022-05-28

问题描述

我正在尝试在 Google Colab 中执行 FLIRT 注册 vi nipype 包，但我不知道如何修复它。如果有人知道如何解决它，请帮助我。

!pip install nipype
from nipype.interfaces import fsl
from nipype.testing import example_data
flt = fsl.FLIRT(bins=640,cost_func='mutualinfo')
flt.inputs.in_file = '/content/MaskP1.nii.gz'
flt.inputs.reference = '/content/P1_FL_fim.nii.gz'
flt.inputs.output_type = "NIFTI_GZ"
res = flt.run()

错误信息是： OSError：在主机 34bc2567880d 上找不到命令“flirt”。请检查是否安装了相应的软件包。

解决方法

我猜问题是在 Google Colab 的机器上没有安装 FSL。如果您尝试在单元格上键入 !echo ${FSLDIR} 之类的内容，它会起作用吗？

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