相当于 Python 中的“ks密度”MATLAB 内置函数

问题描述

我需要以下 MATLAB 代码的 Python 等效代码：

[f,xi] = ksdensity(data,'Support','positive','Function','cdf');

我找到了下面的 python 代码，但我不知道如何提供它的 cdf。如果您能指导我，我将不胜感激。

from scipy import stats
kde = stats.gaussian_kde(data)

解决方法

试试这个，link。

def insert_size(insert_size_distribution):
    """Calculate cumulative distribution function from the raw insert size
    distributin. Uses 1D kernel density estimation.

    Args:
        insert_size_distribution (list): list of insert sizes from aligned
        read pairs

    Returns:
        1darray: a cumulative density function
    """
    kde = stats.gaussian_kde(
        insert_size_distribution,bw_method=0.2 / np.std(insert_size_distribution,ddof=1))
    x_grid = np.linspace(
        min(insert_size_distribution),max(insert_size_distribution),1000)
    kde = kde.evaluate(x_grid)
    cdf = np.cumsum(kde)
    cdf = cdf / cdf[-1]
    return cdf 

,

以下代码对我有用：

import scipy
kde = scipy.stats.gaussian_kde(data)
my_cdf = scipy.stats.norm.cdf(kde)