如何在闪亮的应用程序中更改 data.tree 的节点形状和标签

问题描述

第一篇文章，希望我记得包含所有内容并使用了正确的术语！

不久前，我使用 data.tree 创建了一个图表，显示了动物群中动物之间的关系。除了动物名称之外，该图表还包括信息，例如它在畜群中的排名。这是输出的示例。

我现在正在尝试将其转变为 Shiny 应用程序，以便您可以从下拉列表中选择一种动物以显示其家族。我已经成功地完成了这项工作，但是，这棵树缺少有关该动物的样式和其他信息。这是一个与前一个比较的示例，没有任何样式。

这是原始 R 脚本中生成所需格式的代码。

library(data.tree)
library(dplyr)

#data to generate the tree
TreeInfo <- tribble(~Animal,~pathString,~BW,~Current,~Sex,"CLQG-04-7",148,"No","F","JTGD-08-106","CLQG-04-7/JTGD-08-106",166,"Yes","JTGD-10-73","CLQG-04-7/JTGD-10-73",147,"DLCQ-13-150","CLQG-04-7/JTGD-10-73/DLCQ-13-150",211,"DLCQ-14-48","CLQG-04-7/JTGD-10-73/DLCQ-14-48",167,"DLCQ-15-168","CLQG-04-7/JTGD-08-106/DLCQ-15-168",134,"DLCQ-15-153","CLQG-04-7/JTGD-10-73/DLCQ-15-153","DLCQ-17-117","CLQG-04-7/JTGD-10-73/DLCQ-14-48/DLCQ-17-117",216,"DLCQ-17-94","CLQG-04-7/JTGD-10-73/DLCQ-13-150/DLCQ-17-94",215,"DLCQ-18-126","CLQG-04-7/JTGD-10-73/DLCQ-15-153/DLCQ-18-126",194,"DLCQ-19-170","CLQG-04-7/JTGD-08-106/DLCQ-19-170",213,"DLCQ-19-62","CLQG-04-7/JTGD-10-73/DLCQ-13-150/DLCQ-17-94/DLCQ-19-62",246,"F")

TreeInfo2 <- as.Node(TreeInfo)

#Formatting the tree
GetNodeShape <- function(TreeInfo2) {switch(TreeInfo2$Sex,`F` = "Box",`M` = "oval")}
GetNodeLabel <- function(TreeInfo2) {switch(TreeInfo2$Current,No = paste0("*",TreeInfo2$Animal,"\n BW ",TreeInfo2$BW),Yes = paste0(TreeInfo2$Animal,TreeInfo2$BW) )}
TreeInfo2$Do(function(TreeInfo2) SetNodeStyle(TreeInfo2,fontname = 'helvetica',label = GetNodeLabel,shape = GetNodeShape,fontcolor = "brown4",inherit = FALSE),filterFun = function(TreeInfo2) is.null(TreeInfo2$BW) == FALSE && TreeInfo2$BW >= 200)
TreeInfo2$Do(function(TreeInfo2) SetNodeStyle(TreeInfo2,fontcolor = "blue",filterFun = function(TreeInfo2)  is.null(TreeInfo2$BW) == FALSE &&  TreeInfo2$BW < 200)
TreeInfo2$Do(function(TreeInfo2) SetNodeStyle(TreeInfo2,label = TreeInfo2$Animal,filterFun = function(TreeInfo2)  is.null(TreeInfo2$BW) == TRUE)
SetGraphStyle(TreeInfo2,rankdir = "LR")

plot(TreeInfo2)

在 Shiny 应用程序中，TreeInfo 和 TreeInfo2 是反应性的（由从下拉列表中选择的动物决定，大约 3000 只动物）所以我知道我需要将它们更改为 TreeInfo2()。但是，它不会让我在代码的函数部分输入它，即 function(TreeInfo2()) 给出一个错误，说它期望 RPAREN。除此之外，我已经尝试了以下代码的多种不同组合，但我不确定在哪里，但 reactive({}) 位 - 我只知道它需要它们，否则它不会运行。

  TreeInfo2 <- reactive({as.Node(TreeInfo())})
  
  reactive({GetNodeShape <- function(TreeInfo2) {switch(TreeInfo2()$Sex,`M` = "oval")}})
  reactive({GetNodeLabel <- function(TreeInfo2) {switch(TreeInfo2()$Current,TreeInfo2()$Animal,TreeInfo2()$BW),Yes = paste0(TreeInfo2()$Animal,TreeInfo2()$BW) )}})
  reactive({TreeInfo2()$Do(function(TreeInfo2) SetNodeStyle(TreeInfo2(),filterFun = function(TreeInfo2) is.null(TreeInfo2()$BW) == FALSE && TreeInfo2()$BW >= 200)})
  reactive({TreeInfo2()$Do(function(TreeInfo2) SetNodeStyle(TreeInfo2(),filterFun = function(TreeInfo2)  is.null(TreeInfo2()$BW) == FALSE &&  TreeInfo2()$BW < 200)})
  reactive({TreeInfo2()$Do(function(TreeInfo2) SetNodeStyle(TreeInfo2(),label = TreeInfo2()$Animal,filterFun = function(TreeInfo2)  is.null(TreeInfo2()$BW) == TRUE)})
  reactive({SetGraphStyle(TreeInfo2(),rankdir = "LR")})

即使将它简化到最后一个 SetGraphStyle 步骤以从垂直变为水平似乎也没有效果，这让我想知道我是否将这个块放在正确的位置，也许“样式”代码应该放在其他地方，例如在 Shiny 服务器的输出部分，目前是这样的：

output$Tree <- renderGrViz({grViz(DiagrammeR::generate_dot(ToDiagrammergraph(TreeInfo2())))})}
  

任何帮助将不胜感激。谢谢！

解决方法

如果它以后对任何人有帮助，这里有一个有效的解决方案。将代码的格式化部分移至 output$Tree 步骤。这修复了格式，但随后破坏了每个框中出现的名称。这是通过一步包装反应部分来解决的。

 TreeInfo2 <- reactive({

###code here to select the animal to display

    TreeInfo2 <- as.Node(TreeInfo)    
    return(TreeInfo2)})


 output$Tree <- renderGrViz({
            
    GetNodeShape <- function(TreeInfo2) {switch(TreeInfo2$Sex,`F` = "box",`M` = "oval")}
    GetNodeLabel <- function(TreeInfo2) {switch(TreeInfo2$Current,No = paste0("*",TreeInfo2$Animal,"\n BW ",TreeInfo2$BW),Yes = paste0(TreeInfo2$Animal,TreeInfo2$BW) )}
    TreeInfo2()$Do(function(TreeInfo2) SetNodeStyle(TreeInfo2,fontname = 'helvetica',label = GetNodeLabel,shape = GetNodeShape,fontcolor = "brown4",inherit = FALSE),filterFun = function(TreeInfo2) is.null(TreeInfo2$BW) == FALSE && TreeInfo2$BW >= 200)
    TreeInfo2()$Do(function(TreeInfo2) SetNodeStyle(TreeInfo2,fontcolor = "blue",filterFun = function(TreeInfo2)  is.null(TreeInfo2$BW) == FALSE &&  TreeInfo2$BW < 200)
    TreeInfo2()$Do(function(TreeInfo2) SetNodeStyle(TreeInfo2,label = TreeInfo2$Animal,filterFun = function(TreeInfo2)  is.null(TreeInfo2$BW) == TRUE)
    SetGraphStyle(TreeInfo2(),rankdir = "HR")
    
    
    grViz(DiagrammeR::generate_dot(ToDiagrammeRGraph(TreeInfo2())))})}