layout_circle 使用 ggbio 从 .csv 中提取数据

问题描述

我正在尝试提取存储在 .csv 中的染色体大小数据。我尝试绘制该信息的图形，但出现下一个错误：“（函数（类，fdef，mtable）中的错误： 无法为签名“data.frame”找到函数“layout_circle”的继承方法

这是我正在使用的：

library(ggbio)
ChrLen2 = read.csv("ChrLen2.csv") #Change name of the file
p <- ggplot() + layout_circle(ChrLen2,geom = "ideo",fill = "gray70",radius = 30,trackWidth = 4)

有没有办法将文件调用到我的代码中？

提前谢谢！

解决方法

勾选help manual for ggbio，你需要提供一个GRanges对象来绘制，并在其中指定染色体长度信息，例如：

library(ggbio)
library(GenomicRanges)

gr = GRanges(seqnames="chr2",IRanges(start=1,end= 1))

seqinfo(gr)

Seqinfo object with 1 sequence from an unspecified genome; no seqlengths:
  seqnames seqlengths isCircular genome
  chr2             NA         NA   <NA>

seqlengths(gr) = 2e6

seqinfo(gr)
Seqinfo object with 1 sequence from an unspecified genome:
  seqnames seqlengths isCircular genome
  chr2        2000000         NA   <NA>

ggplot() + layout_circle(gr,geom = "ideo",fill = "gray70",radius = 30,trackWidth = 4)