将一个 xarray.DataArray 连接成一个更高维的数组

编程问答 2022-05-27

问题描述

我有一组 2D DataArrays，在字典中，例如，

>>>arrayDict = {'key1':arr1,'key2':arr2,'key3':arr3}

我正在尝试将它们组合成 3D DataArray，但是当我这样做时，到处都是“nans”：

>>>bArr = xr.concat(arrayDict.values(),pandas.Index(arrayDict.keys(),name='clusters'))
>>>bArr
<xarray.DataArray (clusters: 32,peaks: 4,cells: 19783)>
array([[[nan,nan,...,nan],[nan,nan]],[[nan,])
Coordinates:
  * cells     (cells) object 'AACTTAATACACCATAATAAAGCCTCAT' ... 'TTGCTCCGAGTT...
  * peaks     (peaks) <U25 'chr7_112088121_112134785' ... 'chr7_112159769_112...
  * clusters  (clusters) object 'pg_2' 'pg_1' 'pg_15' ... 'pg_3' 'pg_30' 'pg_22'

根据我对 xarray.concat 的理解，这应该是一个有效的操作。

注意：这背后的目标是将大型 2D 数组重塑为 3D 或更高级别的数组，使子集作为 dict 的一部分似乎是使其工作的合理方法。

解决方法

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