模块“pymc3”没有属性“traceplot”错误

问题描述

我正在尝试生成我的模型的轨迹图，但它显示 module 'pymc3' has no attribute 'traceplot' 错误。我的代码是：

with pm.Model() as our_first_model:
    # a priori
    theta = pm.Beta('theta',alpha=1,beta=1)
    # likelihood
    y = pm.Bernoulli('y',p=theta,observed=data)
    #y = pm.Binomial('theta',n=n_experimentos,observed=sum(datos))
    start = pm.find_MAP()
    step = pm.Metropolis()
    trace = pm.sample(1000,step=step,start=start)
    burnin = 0  # no burnin
    chain = trace[burnin:]
    pm.traceplot(chain,lines={'theta':theta_real});

然后给出以下错误：

AttributeError                            Traceback (most recent call last)
<ipython-input-8-40f97a342e0f> in <module>
      1 burnin = 0  # no burnin
      2 chain = trace[burnin:]
----> 3 pm.traceplot(chain,lines={'theta':theta_real});
AttributeError: module 'pymc3' has no attribute 'traceplot'

我使用的是 windows10 并且我已经用 pip 下载了 pymc3，因为它没有包含在我下载的 anaconda 中。

解决方法

自 several versions ago 起，PyMC3 将绘图和统计委托给 ArviZ，为了方便和易于转换，原始绘图命令被保留为 ArviZ 方法的别名。

最新的 PyMC3 版本 (3.11.0) 是第一个不包含 pm.traceplot 等别名的版本。您必须使用适用于 PyMC3 对象的 arviz.plot_trace。

与问题本身无关的额外注释：

您正在使用 pm.find_MAP 初始化链并且您手动将采样器设置为 pm.Metropolis 而不是允许 pm.sample 选择其自己的默认值。这样做是有理由的，这并不是本质上的错误，但不鼓励这样做，请参阅PyMC3 FAQs。
PyMC3 正在过渡到使用 InferenceData 作为 pm.sample 的默认输出。我建议在 return_inferencedata=True 中设置 pm.sample，原因如下：1) ArviZ 函数在幕后转换为这种格式，您将避免这种小开销，2) InferenceData 比 MultiTrace 具有更多功能，3) PyMC3 正在过渡到 InferenceData 作为 pm.sample 的默认输出，那么为什么不开始呢？
您有一个 # no burn-in 注释，但是，pm.sample 返回的跟踪已经执行了传递给它的 tune 参数长度的老化。 tune 的默认值为 1000。要实际获取所有样本并查看 MCMC 如何缓慢收敛到典型集，您需要使用 discard_tuned_samples=False。

一些 InferenceData 资源：

推理数据概述：https://arviz-devs.github.io/arviz/getting_started/XarrayforArviZ.html
使用 InferenceData 示例（展示如何执行老化等操作）：https://arviz-devs.github.io/arviz/getting_started/WorkingWithInferenceData.html

arviz pymc3