问题描述
这听起来有点愚蠢，但我是 R 的新手，我需要根据我获得的一些 DE-Seq 数据制作 MA Plot。
这是一些数据的示例：
| 基因名称 | 平均 | log2foldchange | padj |
|---|---|---|---|
| dop-1 | 110.53 | 0.27 | 0.20 |
| dop-2 | 208.23 | 0.36 | 0.04 |
| dop-3 | 158.59 | 0.61 | 0.01 |
如果有人愿意指导我完成如何执行此操作的步骤，我将永远感激不尽。 我自己尝试过，但遇到了无数错误，例如这个：
.local(object,...) 中的错误： 当使用 data.frame 调用时，plotMA 期望数据框有 3 列，两个数字表示均值和对数倍数变化，逻辑列表示显着性。
任何帮助将不胜感激:)
亲切的问候， 山姆
解决方法
从 help("plotMA") 中，我们了解到 <Compile Include="Form1.cs">
<SubType>Form</SubType>
</Compile>
<Compile Include="Form1.Designer.cs">
<DependentUpon>Form1.cs</DependentUpon>
</Compile>
<Compile Include="Form1.Methods.Designer.cs" >
<DependentUpon>Form1.cs</DependentUpon>
</Compile>
需要一个恰好包含 3 列的 data.frame：均值、对数倍数变化和一个表示重要性的逻辑列。
您有平均值、对数倍数变化和调整后的 p 值。所以你需要做一个重要性列：
plotMA()现在您可以将这三列传递给 data$sig <- data$padj < 0.05
：
plotMA
样本数据：
library(DESeq2)
plotMA(data[,c("Mean","log2foldchange","sig")])