问题描述
我决定使用 corr.test 来计算基因之间的相关性。
而且我知道输入对象必须是矩阵或数据框。但我不认为这是我需要关注的重要部分。
现在让我困惑的是我不知道什么样的归一化基因表达矩阵适合corr.test。我认为 t() 之后的 FPKM 基因计数适合之前。但在有人告诉我一些关于 vst 转换计数的事情后，我不这么认为？
有人能给我一些建议吗？现在我有了 FPKM 值和 corr.test 。如果我需要改变我的归一化方法？
解决方法
FPKM 是归一化数据，因此首先您可以应用对数变换并将矩阵转换为矢量化格式，然后进行转置以进行统计分析。如果你想使用计数数据，VST 是 R 中 Deseq2 包的不错选择。