mgcv::gam 算法没有收敛

问题描述

现在我有更多数据，我正在重新运行两年前的 gam 模型，但我不断收到错误消息“算法未收敛”。不知道为什么，因为现在唯一不同的是我还有一年的数据。

我的 gam 模型的所有 24 个序列都得到相同的收敛误差。任何帮助将不胜感激

fullmod = gam(formula(paste("richness","~YEAR+STRAT+PROT+s(LON_degrees,LAT_degrees,by=YEAR,bs='ts')+s(DEPTH,bs='ts')")),family=poisson,data=gam_data)
nullmod = gam(formula(paste("richness","~1")),data=gam_data)

###Sequence 1: time->space->mangement->environment 
time.dev=c(); space.dev=c(); env.dev=c(); mngt.dev=c()

time.dev[1]= #(deviance(-time)-deviance(full))/deviance(null)
       (deviance(update(fullmod,.~.-YEAR,sp=fullmod$sp)) - #-TIME 
        deviance(fullmod))/
        deviance(nullmod)
Algorithm did not converge

space.dev[1] = #(deviance(-time-space)-deviance(-time))/deviance(null) 
       (deviance(update(fullmod,.~.-YEAR-s(LON_degrees,bs='ts'),sp=fullmod$sp[2]))-
        deviance(update(fullmod,sp=fullmod$sp))) /
        deviance(nullmod)
Algorithm did not converge

mngt.dev[1]= #(deviance(-time-space-mngt)-deviance(-time)/deviance(null)
      (deviance(update(fullmod,bs='ts')-PROT,sp=fullmod$sp[2]))-
       deviance(update(fullmod,sp=fullmod$sp)))/
       deviance(nullmod) 
Algorithm did not converge

env.dev[1]= #(deviance(null)-deviance(-time,-space,-mngt))/deviance(null) 
      (deviance(nullmod)-
      deviance(update(fullmod,sp=fullmod$sp[2])))/ 
      deviance(nullmod)
#this one worked 

解决方法

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