使用 conda 环境在 qsub 中运行作业

问题描述

我想使用 qsub 提交运行一些使用 Numpy 的 Python 代码的作业。 Numpy 安装在 conda 虚拟环境中，我在登录集群时激活该环境，如果我只需在 Python 命令行解释器中调用 import numpy，我就可以导入它。

但是，当我使用 qsub 提交作业时，它会尝试在不使用该环境的情况下运行该作业。经过一些测试后，如果我使用 qsub 选项传入所有变量，我似乎可以让 -V 在正确的环境中运行。

然而，这会混淆脚本的其他部分。如果我可以只传递让 qsub 在正确的环境中运行所需的内容，那就更好了。我该怎么做？

附言提出的解决方案 here 对我不起作用；错误是 Unable to locate a modulefile for 'numpy'。我假设它不在当前路径中，但我不确定它在哪里。

解决方法

我现在有了解决方案。在使用 qsub 提交的脚本中，我添加了两行以使其重新加载环境。

source [Intel Parallel Studios script that sets up conda environment variables]
source activate my_root