并行编程多物种 GAM 循环

问题描述

这是我尝试使用 foreach 包执行的操作。我有 30 行（站点）和 150 列（物种）的物种数据集。

我需要为每个物种执行一个广义加性模型并提取每个模型的 R 平方。 我可以使用循环来完成，如下所示：

#sp is my species matrix
#env is my environmental matrix
library(mgcv)

r.sq <- matrix(0,ncol(sp),1)

for (i in 1:length(r.sq)) {
  gam.res <- gam(sp[,i] ~ s(V1) + s(V2),data = env,family = "binomial",method = "REML")
  r.sq[i] <- summary(gam.res)$r.sq
}

我想学习把这个循环变成并行程序，这样我的电脑的 8 个内核可以尽可能快地运行它。我必须面对更大的物种矩阵，这可能是一场噩梦。

如果你能告诉我怎么做，我将不胜感激？

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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