为什么带有 R [pls] 的 PLS 回归系数与其他 R 包的回归系数不同？

问题描述

出于好奇，我想弄清楚为什么用 pls 获得的 PLS 回归系数与用 plsRglm、ropls 或 plsdepot 获得的系数不同都提供相同的结果。

这是一些开始的代码。我曾尝试使用 plsr 函数的比例、中心和方法参数……但到目前为止没有成功。

library(pls)
library(plsRglm)
library(ropls)
library(plsdepot)

data(Cornell)

pls.plsr <- plsr(
  Y~X1+X2+X3+X4+X5+X6+X7,data = Cornell,ncomp = 3,scale = TRUE,center = TRUE
)

plsRglm.plsr <- plsR(
  Y~X1+X2+X3+X4+X5+X6+X7,nt = 3,scaleX = TRUE
)

ropls.plsr <- opls(
  as.matrix(Cornell[,grep("X",colnames(Cornell))]),Cornell[,"Y"],scaleC = "standard"
)

plsdepot.plsr <- plsreg1(
  as.matrix(Cornell[,comps = 3
)

## extract PLS regression coefficients for the PLS model with three components
coef(pls.plsr) # a
coef(plsRglm.plsr,type = "original") # b
coef(plsRglm.plsr,type = "scaled") # c
coef(ropls.plsr) # c
plsdepot.plsr$std.coefs # c
plsdepot.plsr$reg.coefs # b

解决方法

首先，为了重新格式化，我们写：

library(pls)
library(plsRglm)
library(ropls)
library(plsdepot)

data(Cornell)
pls.plsr <- plsr(Y ~ X1 + X2 + X3 + X4 + X5 + X6 + X7,data = Cornell,ncomp = 3,scale = T,center = T)
plsRglm.plsr <- plsR(Y ~ X1 + X2 + X3 + X4 + X5 + X6 + X7,nt = 3,scaleX = TRUE)
ropls.plsr <- opls(as.matrix(Cornell[,grep("X",colnames(Cornell))]),Cornell[,"Y"],scaleC = "standard")
plsdepot.plsr <- plsreg1(as.matrix(Cornell[,comps = 3)

完成后，您可以提取原始比例中的系数：

### ORIGINAL SCALE -  plsRglm,plsdepot
coef(plsRglm.plsr,type = "original")
plsdepot.plsr$reg.coefs

或者您可以缩放它们：

### SCALED - plsRglm,ropls,type = "scaled")
coef(ropls.plsr)
plsdepot.plsr$std.coefs

因此，所有方法现在都产生相同的系数...除了 pls::plsr。为什么？你可能会问。关键在命令。运行时：

coef(pls.plsr) #,3 comps

你看到“,3”。这是张量对象的特征。这是什么？系数应该只是一个向量。原因是 coef 是一个通用函数，它不适用于 pls::plsr 模型。要查看它实际提取的内容：

pls.plsr$coefficients
matrix(pls.plsr$coefficients,ncol = 3) # or in matrix form. coef simply extracts the third column (it should not)

但是，如果您检查每个 R 包中的等效对象，您会发现所有模型的拟合度相同：

matrix(pls.plsr$projection,ncol = 3)    
plsRglm.plsr$wwetoile
plsdepot.plsr$mod.wgs
ropls.plsr@weightStarMN

因此，对于 pls::plsr，您只是没有提取系数。

pls r r