同步pymol

问题描述

我正在尝试加载一个mrc文件，生成它的地图然后保存图像，问题是它只保存了一个空白图像，我运行的代码如下：

from pymol import cmd
cmd.load('./6vof.mrc',' 6vof')
cmd.volume( '6vof _volume',' 6vof')
cmd.png('./test.png',300,200)

接口中的等效代码确实有效，我想知道如何让 save 方法等待所有内容的渲染。

解决方法

嗨，路易斯·何塞·卡斯蒂略，

看来我遇到了和你一样的问题。我想在 Ruby on Rails 应用程序中使用 Pymol 并且在我从 ruby 中启动它时总是收到他的消息：

 CmdLoad: "mypol/4hhb.pdb" loaded as "4hhb".
 Ray: render time: 0.02 sec. = 178776.9 frames/hour (0.02 sec. accum.).

结果是一个空白的透明 png。如果我使用相同的脚本在命令行中运行它，我会收到此消息和一个完美的 png：

CmdLoad: "4hhb.pdb" loaded as "4hhb".
 Ray: render time: 4.04 sec. = 890.8 frames/hour (4.04 sec. accum.).

我在 Ubuntu 20、Ubuntu 18 Server 和 Docker 上得到了这种行为。我发现，唯一的区别是，我使用了 ruby 中的相对路径，但始终在命令行的同一文件夹中运行所有内容。好吧，所以我只是为我的 Rails 应用程序绕道而行，现在它确实可以工作了：

  def get_protein_image(pdb_id)
    dir_path = get_pdb_file(pdb_id)
    `cp lib/png_from_pdb.py #{dir_path} && cd #{dir_path} && pymol protein.pdb png_from_pdb.py -qc` 
  end

抱歉这里的 ruby 代码，但这里是基本解决方案，尝试在同一文件夹中运行所有内容（我只是在生成 png 后删除 tmp 子文件夹）。

cp lib/png_from_pdb.py #{dir_path} && cd #{dir_path} && pymol protein.pdb png_from_pdb.py -qc

我希望这个技巧也能帮到你！最好的祝福，斯蒂芬

bioinformatics pymol python-3.x