在我的 R 包中提供 S4 方法

问题描述

我正在编写 R 包，并且通常在标头中使用 :: 或 @import/@importFrom 加载我的函数。这适用于大多数软件包。但是，我使用的是使用 S4 对象和方法的 STRINGdb 包。我不确定如何使这个包的特定方法可用于我的函数。

我想在我的描述文件中将它移到 Suggests 而不是 Imports，所以我无法使用 @import 加载它。它使用以下结构的函数：

 string_db <- STRINGdb$new(
    version = "11",species = organism_id,score_threshold = score_threshold,input_directory = ""
  )

payload_id <- string_db$post_payload(coloring$database_string,colors = coloring$color

我能够通过 STRINGdb 使用 S4 类生成函数 get()。

STRINGdb <- get("STRINGdb",envir = loadNamespace("STRINGdb"))

string_db <- STRINGdb$new(
  version = "11",species = 511145,# Check on String database to get the right code (E.coli K12: 511145)
  score_threshold = 0.900,# Cutoff score to consider something an interaction
  input_directory = ""
)

不知道这是否是一种特别好的方法，但它似乎有效。我不确定 post_payload 等方法。我怎样才能使它们可用？使用 string_db$STRINGdb::post_payload 不起作用。

非常感谢您的帮助！

解决方法

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