如何从 Jupyter Notebook 内部运行 docker？

问题描述

我有一个 jupyter notebook，它可以自动提取一些数据，我需要通过 docker 中的解析器运行这些数据。我的代码如下：

bnab_inp = "/data/bnab/"
bnab_out = '.fasta -o "/data/bnab/igblast"'

for item in bNAb:
    exe = str(activate_docker+bnab_inp+item+bnab_out)
    os.system(exe)

bNAb 是一个字典，其中包含要通过 igblast 解析的所有文件名。我知道“exe”的语法是正确的，因为如果我复制并粘贴到命令提示符中，它会毫不费力地运行。但是，使用 os.system 不会产生任何影响（如果我将它放入一个变量中以获得 stdout 它返回 1）。

我假设 os.system 的运行方式存在一些限制，这意味着我不能从命令提示符粘贴相同的命令，但我似乎无法弄清楚..

提前致谢！

解决方法

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