问题描述
我希望你能帮助我。我对连锁不平衡的整个概念很陌生，并使用 Plink 为我的数据集计算了这一点。我有 4 个混合血统的个体（家庭成员），我想计算这些个体基因组中所有 snps 的连锁不平衡。
这可能吗？我该怎么做呢？例如，我是否需要将我的数据与 1000 个基因组（第 3 阶段）数据集中的 AFR 群体的数据合并？还是我会使用 LD 剪枝？ 我是按照一些在线教程建议的 QC 步骤，例如在 LD 计算之前执行 hwe、missing 和 maf 过滤步骤，还是直接跳到 LD 计算中。
所以在我看来，我希望找到与我的候选基因 snps 处于 LD 中的潜在“致病” snps。如果这是有道理的。我不确定上述内容是否有意义，但如果有人能解释一下，我将不胜感激。
解决方法
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