如何在 WSI 幻灯片的特定放大倍数下创建特定大小的补丁？

问题描述

我正在尝试以特定放大率从 WSI 幻灯片 (Available Here) 创建补丁。我在 Python 中使用 OpenSlide。我可以使用以下代码将所需的放大倍数转换为特定级别的幻灯片：

mag = 20 #required magnification
slide = openslide.open_slide(slide_path)
base_mag = 10.0 / float(slide.properties['openslide.mpp-x'])
level = slide.get_best_level_for_downsample(base_mag / mag)

因此问题归结为只是在幻灯片的特定级别找到补丁。

首先，我使用以下代码使用 Otsu 进行组织分割：

slide = openslide.open_slide(slide_path)
thumbnail = slide.get_thumbnail((slide.dimensions[0] / 256,slide.dimensions[1] / 256))

thumbnail_grey = np.array(thumbnail.convert('L')) # convert to grayscale
thresh = threshold_otsu(thumbnail_grey)
binary = thumbnail_grey > thresh

二进制是一个 np.array，0：组织，1：非组织

此外，我有一张蒙版图像（WSI 幻灯片），它告诉我肿瘤的区域。

为了生成补丁，我遇到了在 Python 中使用 OpenSlide 支持 DeepZoom。根据 OpenSlide 文档 (Available Here)，我可以使用 DeepZoom 生成这样的图块：

tiles = DeepZoomGenerator(slide,tile_size=256,overlap=0,limit_bounds=False)

我意识到两件事：-

• slide.level_count 在幻灯片中打印 10，即 0-9 级，其中 0 是最高分辨率。
• tiles.level_count 在图块中打印 19，即 0-18 级，其中 18 是最高分辨率。

要获得特定级别的图块，我可以使用 get_tile(level,address) 返回一个 RGB 图像并将 DeepZoom 级别和级别内图块的地址（列、行）作为（列、行）元组.

现在我对一些事情感到困惑：

1. 如何将我的幻灯片级别转换为 DeepZoom 级别？
2. 如何在此特定 DeepZoom 级别获取不同图块的地址？我尝试使用随机地址，但它给出了“无效地址”的异常。
3. 如何将两者结合在一起，以便我只从我的组织区域生成图块，然后将这些图块分割为肿瘤和非肿瘤。

解决方法

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