Phantomjs 错误阻止导出用于 RMarkdown 的 gtsummary 表

问题描述

我正在尝试从 R Studio 会话中保存和导出汇总统计和回归输出表,以便我可以在 RMarkdown 文档中一起打开它们,将该文档编织为 html,并与离线协作者共享。我不想在 RMD 文件中包含我的所有代码,而只是表格(和图形)。生成最适合我的表的方法gtsummary,但是当我尝试将表保存为可以在 RMD 中打开的 .png 文件时,如 here 所述,我收到错误,"PhantomJS 未找到。您可以使用 webshot::install_phantomjs() 安装它。"我不能这样做,因为我在一台安全的计算机上,除了 CRAN 之外,它无法从任何东西下载软件包。有解决方法吗?我在 SO 上看到的 one discussion 基本上似乎是在说忘记 gtsummary 并使用不同的包,但我花了很多时间试图找到一种生成有效回归表的方法对于我的模型,我希望能够使用 gtsummary

解决方法

你不能安装phantomjs真是太可惜了。仅供参考,它不是另一个 R 包,它是一个单独的程序,用于将 HTML 页面(在您的情况下为 HTML 表)转换为图像。 https://bitbucket.org/ariya/phantomjs/downloads/

您可以尝试以下几点:

  1. 您无需将 gtsummary 表保存为图像,以便以后将其包含在没有原始代码的 Rmd 报告中。我个人的工作流程是将所有分析与报告分开。在我的分析文件中,我创建了 gtsummary 表并使用 save()saveRDS() 将其保存到文件中。在我单独的报告文件中,我加载了与 gtsummary 表一起保存的文件,并在代码块中使用 echo = FALSE 打印它(这样可以避免打印 R 代码)。

  2. 除了将表格保存为 png,您还可以使用 tbl_summary(trial) %>% as_gt() %>% gt::gtsave(filename = "my_gtsummary.html") 将表格保存为 html 表格。我从未尝试在我的 Rmd 文档中为整个表格注入 HTML 代码,但我已经使用 HTML 代码创建了一个 2 列文档。似乎沿着这些路线的东西会起作用。

希望其中之一对您有用!快乐编码!