cox 比例风险模型的平均倒数秩 (MRR)

编程问答 2022-05-25

问题描述

我正在使用 GBM 包进行使用退伍军人数据的 COX 比例风险分析。我有 80% 的分割用于训练，20% 用于测试。我想使用平均倒数排名 (MRR) 指标评估模型，并发现可以使用 MRR 优化 GBM。下面是我用于训练模型的 R 代码。

library('survival')
library('gbm')
data(veteran)
set.seed(123)
train <- sample(1:nrow(veteran),round(nrow(veteran) * 0.80))
data_train <- veteran[train,]
data_test <- veteran[-train,]
model <- gbm(Surv(time,status) ~ .,distribution=list(  
                   name='coxph',metric="mrr",max.rank=1),data=data_train,n.trees=3000,shrinkage=0.005,interaction.depth=2,n.minobsinnode=5,cv.folds=4)
best.iter <- gbm.perf(model,plot.it = TRUE,method = 'cv')

以下代码预测模型的结果：

pred.test <- predict(model,data_test,n.trees = best.iter)

现在我想从中计算 MRR。有没有可能做到？

解决方法

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