使用 geom_signif 比较 x 轴的值

问题描述

使用 ggpubr::geom_signif 可以轻松地为 X 轴上的不同值或组添加比较。 这是一个例子

ex = data.frame(time = c("A","B","C","D","E"),effect = runif(n = 1000,min = 0,max = 100),group = c("blue","red"))

comparisons = list(
  c(1,2),c(1,3),4),5)
)

ex %>% 
  ggplot(aes(x = time,y = effect,group = group)) +
  stat_summary(geom = "point") +
  stat_summary(geom = "line") +
  geom_signif(comparisons = comparisons,step_increase = 0.1)

如何在每个时间点内进行比较？ 我想要的输出以相同的方式呈现数据，但每个时间点的组之间的差异都有 P 值。

解决方法

对于所有这些 p 值的计算是否合理或正确，至少值得怀疑。无论如何 - 显示您想要的一种方法是按时间将组作为 x 和方面

对于您的分析类型，您似乎将每个时间点视为独立的（它们不是，它们是相关的），并且视觉等效是将它们分离到各个方面，而不是将它们与一条线联系起来。

comparisons = list(
  c(1,2))

ex %>% 
  ggplot(aes(x = group,y = effect)) +
  stat_summary(geom = "point") +
  stat_summary(geom = "line") +
facet_wrap(~time) +
  geom_signif(comparisons = comparisons,step_increase = 0.1)