R 脚本在 R 中运行但不在 Rstudio 中运行

问题描述

当我在 R 控制台中运行下面的脚本时，它会运行，但是当我使用 Rstudio 时，我得到了这个：

Error in sink(type = "output") : invalid connection

我一直在学习 Richard McElreath，《统计反思：带有 R 和 Stan 示例的贝叶斯课程》，第 2 版。 McElreath 使用 R 包 Rethinking，其中包含用于分析的数据和用于分析的软件。基于作者的强烈建议，我使用了 Rstudio 并适应了它。在第 9 章中，McElreath 转向使用马尔可夫链进行分析，依靠 Stan。在此转换中，我始终收到错误消息：接收器中的错误（类型 =“输出”）：连接无效。我在安装 Rstan 和 StanHeaders 包时遇到了困难——一路上学习。

我终于尝试单独在 R 中运行示例代码。在 Rstudio 中产生错误的原因在 R 中运行没有困难。

下面是代码示例。第一个使用 Ulam 的 R 代码 11.14 生成错误：Error in sink(type = "output") : invalid connection

# R code 9.11
library(rethinking)
data(rugged)
d <- rugged
d$log_gdp <- log(d$rgdppc_2000)
dd <- d[ complete.cases(d$rgdppc_2000),]
dd$log_gdp_std <- dd$log_gdp / mean(dd$log_gdp)
dd$rugged_std <- dd$rugged / max(dd$rugged)
dd$cid <- ifelse( dd$cont_africa==1,1,2 )

# R code 9.12
m8.3 <- quap(
  alist(
    log_gdp_std ~ dnorm( mu,sigma ),mu <- a[cid] + b[cid]*( rugged_std - 0.215 ),a[cid] ~ dnorm( 1,0.1 ),b[cid] ~ dnorm( 0,0.3 ),sigma ~exp( 1 )
  ),data=dd )
precis( m8.3,depth=2 )

# library(parallel)
# options(mc.cores = parallel::detectCores())
# Sys.setenv(LOCAL_CPPFLAGS = '-march=native')

# R code 9.13,Februry 13,2021
dat_slim <- list(
  log_gdp_std = dd$log_gdp_std,rugged_std = dd$rugged_std,cid = as.integer( dd$cid )
)
str(dat_slim)

# R code 9.14,February 13,2021
m9.1 <- ulam(
  alist(
    log_gdp_std ~ dnorm( mu,sigma ~ dexp( 1 )
  ),data=dat_slim,chains = 5 )

解决方法

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