mha脑肿瘤文件中的图像数据

问题描述

from medpy.io import load
image_data,image_header = load("HG/0001/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair.684.mha")
print(image_data.shape)

我得到一个元组 (160,216,176)。这些尺寸代表什么（作为参考，这些是来自 BRATS 2013 的脑肿瘤图像）？感谢您的帮助。

编辑：在 Jupyter 上，我所做的滑块工作

import matplotlib.pyplot as plt
from ipywidgets import interact
import numpy as np
%matplotlib inline

@interact(x=(0,image_data.shape[2]))
def update(x):
    plt.imshow(np.flip(image_data[x].T,0))

当然你的代码可能适用于其他编辑器

解决方法

根据 documentation，load(image)“加载图像并返回带有图像像素内容和标题对象的 ndarray。”

再往下在 medpy.io.load 中，它说 image_data 是“图像数据作为 numpy 数组，顺序为 x,y,z,c。”。

编辑：因为我很想知道这个文件中的实际内容，所以我整理了一个快速脚本（主要基于 slider demo）来查看。我会把它留在这里以防万一它可能对某人有用。（点击“图层”滑块选择要绘制的 z 坐标。）

from medpy.io import load

image_data,image_header = load("/tmp/VSD.Brain.XX.O.MR_Flair.684.mha")

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.widgets import Slider,Button,RadioButtons

fig,ax = plt.subplots()
plt.subplots_adjust(bottom=0.25)

axlayer = plt.axes([0.25,0.1,0.65,0.03])
slider_layer = Slider(axlayer,'Layer',1,image_data.shape[2],valinit=1,valstep=1)

def update(val):
  layer = slider_layer.val
  ax.imshow(image_data[:,:,layer])
  fig.canvas.draw_idle()

slider_layer.on_changed(update)

ax.imshow(image_data[:,0])

plt.show()

（这间接证实了 image_data 拥有 3-D 体素图像。）

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