问题描述
考虑以下数据框：
df1
# bacteria sample Number_x Number_y
#1 A HM_001 100 30
#2 B HM_001 50 60
#3 C HM_001 300 10
#4 D A2_HM_001 400 20
#5 E A2_HM_001 22 11
#6 F HM_002 23 35
#7 G HM_002 120 46
#8 H HM_003 50 51
# … with 1,342 more rows
按样本分组，我希望对每种细菌进行行式两侧 Fisher 精确检验。 （例如 HM_001 如下所示）。
| HM_001 | Number_x | Number_y |
|---|---|---|
| A | 100 | 30 |
| 其他（在本例中为 B 和 C） | 350 | 70 |
| HM_001 | Number_x | Number_y |
|---|---|---|
| B | 50 | 60 |
| 其他（在本例中为 A 和 C） | 400 | 40 |
等等，基本上为数据帧中的 1350 行中的每一行生成一个 p 值。
以下是我的尝试：
Fisher_result <- df1 %>%
group_by(sample) %>%
row_wise_fisher_test(as.matrix(df1[,c(3,4)]),p.adjust.method = "BH")
但是没有用，输出如下错误信息：
Error in row_wise_fisher_test(.,as.matrix(df1[,:
A cross-tabulation with two columns required
任何指针将不胜感激！
解决方法
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