bash PBS 作业中的 Python 版本

问题描述

我是生物学家，所以如果这是一个非常基本的问题并且我无法使用正确的术语，我真的很抱歉。

我必须启动一个 PBS 作业，其中包含一个 Bash 脚本，我在其中启动了 Snakemake 工作流程。

#!/usr/bin/bash
# -- coding: utf-8 --

#PBS -q blade
#PBS -N analysis
#PBS -l nodes=1:ppn=12,mem=28gb,walltime=96:00:00
#set -o errexit
#set -o nounset
#set -o pipefail
#set -o xtrace
. /etc/profile.d/spack.sh
. ${HOME}/.bashrc

cd ~/Documents/Analysis
mkdir results

conda activate struo2
snakemake --use-conda --cores 10 
conda deactivate

有一些 Bash 命令，例如 cd 和 mkdir，所以我选择了 shebang #!/usr/bin/bash。在后面的步骤中，我启动了一个 Snakemake 工作流，并得到错误 UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other，我相信这是因为 Snakefile 启动的程序需要 Python 2.7，而默认为 3.6。

我知道我们可以在shebang中指定Python版本，例如#!/usr/bin/python2.7，但是由于这些命令要在Bash中运行，我认为这不合适。此外，我在实验室的计算机上工作，所以我不能更改默认设置，我没有超级用户权限。

解决方法

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