问题描述
我对 bam/sam 文件很陌生，但我想估计到参考 (NM) 的编辑距离，不是在我的所有读取长度上，而是在每次读取的碱基子集上。 想象一下，我已经读取了 100 bp 的长度，实际上我有每个读取的所有长度的编辑距离，但我想估计更短的碱基部分的 NM，假设每个读取有 20 个碱基。 有没有办法做到这一点？ 我想知道是否可以“削减”MD并通过samtools重新计算NM，但我没有任何关于如何执行的线索。 有没有人有一些建议？ 非常感谢
解决方法
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