无法使用 read.metharray.exp() 读入 IDAT 文件

编程问答 2022-05-25

问题描述

我想进行甲基化数据分析，我也是初学者，我有 450K 和 EPIC 的数据。我创建了一个包含哨兵 ID、哨兵位置和基本名称的 CSV 文件，其中包含 IDAT 文件的路径，这些文件都在同一文件夹（包括 CSV）中。

`library(methylationArrayAnalysis)` 
library(knitr)
library(limma)
library(minfi)
library(IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19)
library(IlluminaHumanMethylation450kmanifest)
library(RColorBrewer)
library(missMethyl)
library(minfiData)
library(Gviz)
library(DMRcate)
library(stringr)
library(IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19)
library(conumee)

dataDirectory <- "C:/Users/35389/Desktop/Medullos/All_combined"
target <- read.metharray.sheet(dataDirectory,pattern = "sample_sheet_2.csv")
target
target$Basename
g_files <- paste0(target$Basename,"_Grn.idat")
all(file.exists(g_files))

output of the above code

# read in the sample sheet for the experiment
rgset <- read.metharray.exp(targets = target,recursive = TRUE,verbose = TRUE,extended = TRUE)

但是，当我使用 read.metharray.exp() 读取文件时，出现以下错误

计时停止于：0.14 0.05 0.22 readIDAT(xx) 中的错误：无法读取 IDAT 文件。文件格式错误。未知魔法：

有时它会通读前 3 个文件并给出此错误。我不确定我做错了什么，所以任何帮助将不胜感激！ :)

我也问过这个问题 here 所以如果是重复，我很抱歉。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

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