问题描述
我想在 circos 图中绘制我的 6 个基因组样本的覆盖范围。我正在按照 R 中的 circlize 库进行操作。我遵循了以下命令。
df = data.frame( name = c("AAAAa","BBBBb","T","CCCCa","E","M","TTTT6","HHHHb","OFFF8","N","rrr10"),开始 = c(265,13467,21562,25392,26244,26522,27201,27393,27893,28273,29557),结束 = c(13468,21555,25384,26220,26472,27191,27387,27887,28259,29533,29674))。 circos.par("track.height"=0.85,gap.degree=5,cell.padding=c(0,0)) circos.genomicInitialize(df,tickLabelsstartFromZero = FALSE,major.by = 1000,axis .labels.cex = 0.35par("cex"),labels.cex = 0.37par("cex"),)
circos.track(ylim = c(0,1),bg.col = c("#FF000040","#00FF0040","#0000FF40","#FF0000","#800000","#FFFF00" ","#808000","#00FF00","#008000","#00FFFF","#008080"),bg.border = NA,track.height = 0.05)
当我使用 circos.segment() 绘制覆盖率中值文件时。它给出错误：错误：轨道索引“11”处的单元格空间不足。 代码如下：
circos.genomicTrack(data=bed2,panel.fun=function(region,value,...){ circos.genomicLines(region,type="l",col="grey50",lwd=0.6) circos.segments(x0=0,x1=max(df$end),y0=100,y1=100,lwd =0.6,lty="11",col="grey90") circos.segments(x0=0,y0=300,y1=300,lwd=0.6,col="grey90") },track.height=0.08,bg .border=F)
data=bed2 是一个中位数覆盖率为 1000bps 的床文件，示例文件在下面 gicen
V1 V2 V3 V4
1 nnnn1 1 1000 100
2 nnnn1 1000 2000 178
3 nnnn1 2000 3000 40
4 nnnn1 3000 4000 214
5 nnnn1 4000 5000 181
6 nnnn1 5000 6000 117
7 nnnn1 6000 7000 73
8 nnnn1 7000 8000 190
9 nnnn1 8000 9000 126
10 nnnn1 9000 10000 80
11 nnnn1 10000 11000 44
12 nnnn1 11000 12000 144
13 nnnn1 12000 13000 210
14 nnnn1 13000 14000 173
15 nnnn1 14000 15000 178
解决方法
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