工具subset_taxa的错误代码； dimnames(x) <- dn 中的错误：'dimnames' [1] 的长度不等于数组范围

问题描述

我使用库 phyloseq 将 .biom 数据加载到 R 中。

Data2020 <- import_biom("XXX")
mapfile2020 <- import_qiime_sample_data("XXX")
tree <- read_tree("XXX")

mydata <- merge_phyloseq(Data2020,mapfile2020,tree)
colnames(tax_table(mydata)) <- c("Kingdom","Phylum","Class","Order","Family","Genus","Species") 

ps <- mydata 
ps1 <- subset_taxa(ps,Phylum != "NA")

子集到我想要的数据。

WRB_data <- subset_samples(ps1,Site=="WRB")

然后尝试按分类群进行子集。

WRB_data2 <- subset_taxa(WRB_data,Phylum=="Acidobacteria")

总是导致这个错误。请帮忙！？

Error in dimnames(x) <- dn : length of 'dimnames' [1] not equal to array extent

解决方法

没有数据很难验证，但看起来 WRB_data 中没有酸杆菌门的分类群。