MarkDuplicates Picard

问题描述

我使用 Picard 仅标记我阅读了 MarkDuplicates 手册的光学副本。我的脚本看起来像这样

#!/usr/bin/bash
java -jar build/libs/picard.jar MarkDuplicates \
      I=sorted.bam \
      O=mark_opticalduplicate.bam \
      MAX_OPTICAL_DUPLICATE_SET_SIZE=300000 \
      TAGGING_POLICY=OpticalOnly \
      M=markedoptical_dup_metrics.txt

当我使用 samtool 标志 0x400 时，我不确定我是否只得到光学副本非常感谢此时的任何建议。

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

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rna-seq samtools