Boxplots 没有在 R 中正确着色或绘制标签，为什么？

问题描述

我的 Tukey 检验显着结果 LABELS 和绘制为箱线图的颜色不会绘制在每个样本箱线图上。为什么？ 似乎标签是沿着相同的 s1（x 轴）绘制在不同的 y 轴上的？

此处可重现的数据集：

library(multcompView)
df <- data.frame('Sample'=c("s1","s1","s2","s3","s4","s5","s5"),'value'=c(-0.1098,-0.1435,-0.1046,-0.1308,-0.1523,-0.1219,-0.1114,-0.1328,-0.1589,-0.1567,-0.1395,-0.1181,-0.1448,-0.124,-0.1929,-0.1996,-0.1981,-0.1917))

anova_df <- aov(df$value ~ df$Sample )
tukey_df <- TukeyHSD(anova_df,'df$Sample',conf.level=0.95)

# I need to group the treatments that are not different each other together.
TUKEY <- tukey_df
generate_label_df <- function(TUKEY,variable){
     # Extract labels and factor levels from Tukey post-hoc 
     Tukey.levels <- TUKEY[[variable]][,4]
     Tukey.labels <- data.frame(multcompLetters(Tukey.levels)['Letters'])
     
     #I need to put the labels in the same order as in the boxplot :
     Tukey.labels$Sample=rownames(Tukey.labels)
     Tukey.labels=Tukey.labels[order(Tukey.labels$Sample),]
     return(Tukey.labels)
     }
# Apply the function on my dataset
LABELS <- generate_label_df(TUKEY,"df$Sample")
# A panel of colors to draw each group with the same color :
my_colors <- c( 
  rgb(143,199,74,maxColorValue = 255),rgb(242,104,34,rgb(111,145,202,maxColorValue = 255))
# Draw the basic boxplot
a <- boxplot(df$value ~ df$Sample,ylim=c(min(df$value),1.1*max(df$value)),col=my_colors[as.numeric(LABELS[,1])],ylab="Value",main="")
# I want to write the letter over each box. Over is how high I want to write it.
over <- 0.1*max(a$stats[nrow(a$stats),] )
#Add the labels
text(c(1:nlevels(df$Sample)),a$stats[nrow(a$stats),]+over,LABELS[,1],1])] )

当前输出：

所需的情节（颜色和标签）：

解决方法

首先，LABELS$Letters 是一个字符向量。如果你先把它作为一个因素，你可以让 as.numeric(LABELS[,1]) 工作。

其次，您的 y 限制需要对负值进行一些工作。您可能会发现一个名为 extendrange 的函数，它在许多绘图函数中都有使用。

如果 c(1:nlevels(df$Sample)) 是一个不是的因素，这行 df$Sample 也可以工作。

此外，如果您在特定位置绘制 text，您可以使用 text(...,pos = ) 或 text(...,adj = ) 调整文本以移动位置。

LABELS$Letters <- factor(LABELS$Letters)
a <- boxplot(df$value ~ df$Sample,ylim = extendrange(df$value),col=my_colors[as.numeric(LABELS[,1])],ylab="Value",main="")
text(seq_along(a$names),apply(a$stats,2,max),LABELS[,1],pos = 3)

,

如果您不介意改变工作流程并使用 tidyverse 库，那么您可以通过以下方式实现目标：

# join df and LABELS into one data table
inner_join(df,LABELS,by = "Sample") %>% 
  # calculate max value for each Sample group (it will be used to place the labels)
  group_by(Sample) %>% 
  mutate(placement = max(value)) %>% 
  ungroup() %>% 
  # make a plot
  ggplot(aes(Sample,value,fill = Letters))+
    geom_boxplot()+
    geom_text(aes(y = placement,label = Letters,col = Letters),nudge_y = 0.01,size = 6)+
    theme_minimal()+
    theme(legend.position = "none")