问题描述
我正在寻找用于计算化学指纹的 python 包。我对此有点陌生,我很难找到具有易于理解的解释的内容。
我发现 RDKit 提供了一些可能性,但我似乎无法正确使用它们。 如果您对使用 python 计算指纹有其他建议,我愿意接受建议。
我可以提供一个微笑列表:
Cc1ccc(C)c(NS(=O)(=O)c2ccc(NC(=O)c3cn(CCO)c4c(cc(O)c5ncccc54)c3=O)cc2)c1 Cc1cc(SCc2nnc(-c3ccc(Br)cc3)n2N)nc(SCc2nnc(-c3ccc(Br)cc3)n2N)n1 Cc1cc(C)c2c(n1)nn1c(N)c(C(=O)Nc3ccc4c(c3)C(=O)c3ccccc3C4=O)nnc21 O=C(Nc1ccc(S(=O)(=O)Nc2cccc([N+](=O)[O-])c2)cc1)c1cn(CCO)c2c(cc(O)c3ncccc32)c1=O CCOC(=O)c1cn(Cc2ccc(C#N)cc2)c2cc(C(F)(F)F)ccc2c1=O
据我目前的理解,我可以得到一个包含每个微笑指纹的列,它们应该是二进制形式。 (例如,fingeprint1 第一次微笑时为 1,第二次时为 0,依此类推)。 所以如果我计算五个指纹,我最终会得到五列指纹。
Rdkit 在其网站上有以下描述符列表:https://www.rdkit.org/docs/GettingStartedInPython.html#list-of-available-fingerprints,但我不知道如何以我上面解释的方式访问它们。
我希望我提供了所有必要的信息。如果不是这样,我深表歉意。
感谢您的帮助!
解决方法
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