Rscript 使用 renv 环境

问题描述

如何使用 RScript myfile.R 执行命令，以便它使用它所在的项目/目录的 renv 环境，而不是我的默认环境？

解决方法

有几种方法：

确保您的工作目录设置为 renv 项目的根目录，并且 renv 项目的自动加载器处于活动状态。（您可以通过在该项目中从 R 调用 renv::activate() 来设置自动加载器。）
在您的脚本中，显式调用 renv::load("/path/to/project") 以加载请求的项目。

如果这些方法都不够用，请在 https://github.com/rstudio/renv/issues 提交问题。

我最近遇到了类似的问题，但@kevin-ushey 的回答不够充分。这是背景。我需要能够从任何目录运行 Rscript（因为我有几个将从 Docker 文件调用的统计模型，强制一个 Docker 文件具有 WORKDIR 很多次是太麻烦了您有多个 Rscript 调用的长文件。此外，其中一些模型在不同的 bash 文件中被多次调用，使得在每次 cd 调用之前 Rscript 到目录很麻烦）。我们需要类似于 conda activate 的东西，其中任何 Rscript 调用都会默认使用激活的“renv 环境”，而不管您的工作目录是什么。这是一个虚拟示例：

使用 renv 安装 install.packages('renv')。
使用包含 beepr 库的虚拟脚本创建虚拟文件夹（仅用于示例）并初始化 renv 环境：

mkdir ~/renv_test/
cd ~/renv_test/
echo "library(beepr); print('success')" >> test.R
Rscript -e "renv::init()"

使用以下代码创建 Docker 映像：

FROM rocker/r-base

ENV PROJ_ROOT='/usr/local/src/renv_test'
ENV RENV_DIR='/usr/local/.renv/'

COPY . $PROJ_ROOT

# Copy the projects renv infrastructure to RENV_DIR and remove all traces of renv from PROJ_ROOT
RUN mkdir -p $RENV_DIR/renv/ && \
  cp $PROJ_ROOT/renv.lock $RENV_DIR && \
  cp $PROJ_ROOT/renv/activate.R $RENV_DIR/renv/ && \
  echo "source('renv/activate.R')" >> $RENV_DIR/.Rprofile && \
  cd $RENV_DIR && \
  Rscript -e "renv::restore()" && \
  cd $PROJ_ROOT && Rscript -e "renv::deactivate()" && \
  rm -rf renv/ renv.lock

# Set RENV_DIR's restore library as the default library
RUN echo $(cd $RENV_DIR && Rscript -e "cat(paste0('R_LIBS=',renv::paths\$library()),sep = '\n')") >> $HOME/.Renviron


# Run any script from any directory as if you had 'renv activated'
CMD Rscript $PROJ_ROOT/test.R

以下是该方法的摘要：

复制项目到docker镜像
将 renv 基础结构复制到单独的文件夹（此处为 ~/.renv/）并在此处恢复项目。
从项目文件夹中消除 renv 的所有痕迹（这样，如果出于某种原因我们从该项目的根目录执行脚本，我们就不会弄乱库的路径）。
编辑 .Renviron 使其包含 ~/.renv 中恢复的库路径作为默认库。这可确保任何新的 R 会话都将使用该库作为第一个选项。
执行位于项目文件夹中的任何 R 脚本，而无需 cd 或 WORKDIR (docker) 到项目文件夹。

如果您构建并运行之前的 Docker 映像，即使我们从未cd 到项目文件夹，您也应该得到成功声明：

docker build -t renv_test .
docker run renv_test
[1] "success"

r r renv