使用 DESeq2 'contrast' 和 'relevel' 分析三种条件下的数据

编程问答 2022-05-24

问题描述

我是 RNA-Seq 的新手，目前正在分析我的实验数据。我有一个关于使用 relevel 的问题。

我的实验条件为“控制”、“生病”、“康复”。我想比较控制与生病、控制与康复以及生病与康复。为此，我创建了 DESeq2 对象，使用 relevel 设置对 control 的引用，然后使用对比生成带有我想要进行比较的结果表。

deseq_dataset = DESeqDataSetFromTximport(
  txi=count_data,colData=condition_df,design=~Condition)

deseq_dataset$Condition = relevel(deseq_dataset$Condition,ref= "control")

deseq_dataset = DESeq(deseq_dataset)

control_vs_sick_res= results(deseq_dataset,contrast=c("Condition","sick","control"))
control_vs_recovered_res= results(deseq_dataset,"recovered","control"))

我的问题是，我可以使用对比参数来生成生病与康复的结果表，我的参考目前设置为控制吗？或者我是否必须将我的参考设置为已恢复（再次使用 relevel），然后生成生病与恢复的结果表？

谢谢你，如果有任何建议，我将不胜感激！

解决方法

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