问题描述
我正在完成我的大学项目，遇到了一个问题。我有一长串想要在 STRING 中分析的大约 1000 种蛋白质，但是，我的列表太大了。我决定尝试使用 Cytoscape（并下载了 stringApp），但是生成的网络仍然非常混乱。 I've attached a screenshot here。有没有办法通过下载任何 Cytoscape 应用程序或调整设置来改善网络的呈现？
提前致谢
解决方法
嗯，简短的回答是“不”。稍微长一点的答案是“视情况而定”。
通常情况下，显示一个毛球真的没有帮助，因此您需要稍微改进一下。你的数据来源是什么（即 1000 种蛋白质来自哪里）？你希望在网络上看到什么？如果您正在寻找特定的蛋白质组（例如复合物），您可能希望首先使用 MCL 对它们进行聚类。如果您有其他一些数据想要映射，例如转录组或蛋白质组数据，您可以根据倍数变化或丰度值优化您的网络。
说了这么多，你可以试试。首先，您看到的是“快速”版本的网络。尝试单击显示图形详细信息按钮（网络视图工具栏中的菱形）。这将为您提供完整的图形详细信息。其次，您可以尝试使用 Layout->Layout Tools 将网络扩展一点。关闭“仅选定”，然后调整比例。最后，根据您的生物学问题，您可能希望消除仅存在于细胞核或细胞质中或仅存在于肺组织中的蛋白质。使用 stringApp 的结果面板提供的滑块，这一切都是可能的。
-- 滑板车