控制线性 ggraph arcplot 中的弧位置向上或向下

编程问答 2022-05-23

问题描述

背景

我有一个节点和边网络，我想将其可视化为线性弧图。基于我有限的知识，我相信 {ggraph} 是一个很好的工具（特别是考虑到我对 {ggplot2} 的熟悉）所以这就是我在这里尝试的，但如果有一个引人注目的替代方案，我愿意接受它。

问题

我知道它可以在节点线上方渲染圆弧（如下面的示例所示），但有时也可以在下方渲染它们。看起来这可以由 strength 参数控制。当我将 strength 放在弧形 aes 之外（例如 strength = -1 将它们全部翻转）时，这有效，但在 Ignoring unkNown aesthetics: strength 内部应用时给出警告 aes如下图。

目前的努力

下面是一个简单的例子来说明我到目前为止所尝试的内容以及结果图。我已经搜索了 StackOverflow 和 ggraph 文档，但似乎无法在那里找到答案。我也尝试过 geom_edge_arc2 和 geom_edge_arc0 变体，但没有成功。作为一种变通方法，我可以制作一个值向量以提供给 strength 外部的 aes，但理想情况下，我可以使用已提供给函数的数据在 aes 内部执行某些操作。我是误解了预期的语法还是太挑剔了？

期望的输出

我希望能够控制每个弧的方向（上方或下方）。例如，基于 edge_width 的符号（即 strength = sign(edge_width)），上方为蓝色弧线，下方为红色弧线。

# load packages
library(tidyverse,warn.conflicts = FALSE)
library(tidygraph,warn.conflicts = FALSE)
library(igraph,warn.conflicts = FALSE)
library(ggraph,warn.conflicts = FALSE)

# make random sim data reproducible
set.seed(1)

# define nodes
nodes <- data.frame(node_name = paste0("node",1:5))

# define edges
edges <- t(combn(nodes$node_name,2)) %>%
  as_tibble(.name_repair = "universal") %>% 
  rename(from = 1,to = 2) %>% 
  mutate(edge_width = sample(x = -10:10,size = nrow(.),replace = T))
#> New names:
#> * `` -> ...1
#> * `` -> ...2

# build network from nodes and edges
network <- tbl_graph(edges = edges,nodes = nodes,directed = FALSE)

# visualize network as arcplot
network %>% 
  ggraph(layout = "linear") +
  geom_edge_arc(aes(color = edge_width >= 0,width = abs(edge_width),strength = sign(edge_width)),alpha = 0.65) +
  geom_node_label(aes(label = node_name),size = 3)
#> Warning: Ignoring unkNown aesthetics: strength

由 reprex package (v1.0.0) 于 2021 年 2 月 26 日创建

会话信息

以防万一：

sessionInfo()
#> R version 4.0.3 (2020-10-10)
#> Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
#> Running under: Windows 10 x64 (build 18363)
#> 
#> Matrix products: default
#> 
#> locale:
#> [1] LC_COLLATE=English_United States.1252 
#> [2] LC_CTYPE=English_United States.1252   
#> [3] LC_MONETARY=English_United States.1252
#> [4] LC_NUMERIC=C                          
#> [5] LC_TIME=English_United States.1252    
#> 
#> attached base packages:
#> [1] stats     graphics  Grdevices utils     datasets  methods   base     
#> 
#> loaded via a namespace (and not attached):
#>  [1] ps_1.5.0          digest_0.6.27     assertthat_0.2.1  magrittr_2.0.1   
#>  [5] reprex_1.0.0      evaluate_0.14     highr_0.8         stringi_1.5.3    
#>  [9] rlang_0.4.10      cli_2.3.1         rstudioapi_0.13   fs_1.5.0         
#> [13] rmarkdown_2.7     tools_4.0.2       stringr_1.4.0     glue_1.4.2       
#> [17] xfun_0.21         yaml_2.2.1        compiler_4.0.2    htmltools_0.5.1.1
#> [21] knitr_1.31

由 reprex package (v1.0.0) 于 2021 年 2 月 26 日创建

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

如果你已经找到好的解决方法，欢迎将解决方案带上本链接一起发送给小编。

小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

ggraphigraphrrtidygraph