问题描述
我从其他用户那里找到了“类似”的问题，但没有一个答案奏效。我正在尝试安装这些软件包：
if (!require("BiocManager"))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("maEndToEnd",version = "devel")
if (!require("BiocManager"))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("ArrayExpress")
----------------------------------------------------------
Error: Bioconductor version '3.13' requires R version '4.1'
我的 R 版本是 4.0.2，我的操作系统是 Ubuntu 20.10 我想也许我可以：
a) 更改我的 R 版本（我没有找到 ubuntu R 版本 4.1）
b) 更改我的 Bioconductor 版本。出于这个原因，我执行了：
if (!requireNamespace("BiocManager",quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")
------------------------------------------------------
Error in packageVersion("BiocManager") :
there is no package called ‘BiocManager’
install("BiocManager")
------------------------------
Error: Can't find 'BiocManager'
´´´
I also tried so many things that I believe I just made worse the situation by eliminating packages from other libraries:
/usr/lib/R/site-library
/home/usr_name/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0
这是我目前拥有的包目录：
library()
------------------------------------
Packages in library ‘/usr/lib/R/site-library’:
askpass
assertthat
backports
base64enc
BH
Metapackage
bit
bit64
bitops
blob
brew
callr
cli
cliapp
clipr
colorspace
and
etc...
Packages in library ‘/usr/lib/R/library’:
base
boot
for
class
cluster
Extended
etc ...
我该如何继续？如您所知，我是与信息学相关的所有领域的初学者。任何细节将不胜感激。
解决方法
除非您确实需要特定版本的 BioConductor 包，否则您不需要指定 version。尝试以下 standard approach 并查看是否有效：
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
install() # Install BioConductor core packages
install("maEndToEnd")
install("ArrayExpress")
'R-4.1' 是当前 R-devel 的样子； R-devel 通常在 linux 平台上从源代码安装，但也可以方便地作为 Rocker convertible_to 和 Bioconductor expressed（查找“devel”标签）docker 映像使用。
关于
的报告if (!requireNamespace("BiocManager",quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.12")
------------------------------------------------------
Error in packageVersion("BiocManager") :
there is no package called ‘BiocManager’
看起来不完整。会发生什么
if (!requireNamespace("BiocManager",quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
？它应该安装（成功）BiocManager，并且 packageVersion("BiocManager") 应该报告一个版本。也许这有助于开始新的会话？
就其价值而言，这里是报告“R 正在开发中”以及版本 4.1.0 的“版本字符串”
> R.version
_
platform x86_64-apple-darwin17.7.0
arch x86_64
os darwin17.7.0
system x86_64,darwin17.7.0
status Under development (unstable)
major 4
minor 1.0
year 2021
month 02
day 10
svn rev 79979
language R
version.string R Under development (unstable) (2021-02-10 r79979)
nickname Unsuffered Consequences