问题描述
我在使用 igraph/tidygraph 时遇到以下错误：
vector.pmt:444 : cannot reserve space for vector,Out of memory
不过，似乎与内存问题无关。事实上，在类似的大型网络上运行我的脚本时，我没有出现同样的错误。
我正在使用我正在开发的包 biblionetwork 来计算边表。当我使用我的 biblio_coupling() 函数时，一切正常：我可以用 tidygraph::tbl_graph() 创建我的图，并带有边和节点。当我使用我的 coupling_strength() 函数（这只是一种计算边缘权重的不同方法）时，tbl_graph() 函数给了我上面的错误。我曾尝试使用 coupling_strength() 和 tbl_graph() 在其他输入数据（大十倍）上重现此错误，并且运行良好。
这是一个可重现的例子：
devtools::install_github("agoutsmedt/biblionetwork",force = TRUE)
library(biblionetwork) #Ref_stagflation and Nodes_stagflation are included in the package
library(tidygraph)
# this is working perfectly well
edges <- biblio_coupling(Ref_stagflation,source = "Citing_ItemID_Ref",ref = "ItemID_Ref")
graph <- tbl_graph(nodes = Nodes_stagflation[Type == "Stagflation"],edges = edges,directed = FALSE,node_key = "ItemID_Ref")
# this is not working
edges_bis <- coupling_strength(Ref_stagflation,edges = edges_bis,node_key = "ItemID_Ref")
您可以比较 edges 和 edges_bis 以查看它是完全相同的文件，只是权重值发生了变化。我曾尝试用 edges_bis 权重 (edges) 替换 edges_bis$weight <- edges$weight 权重，但此后错误仍然存在。我已经在具有 8000 个节点和 300 000 个边的类似网络上测试了相同的东西，并且它运行良好。
所以我完全在为此苦苦挣扎，我不知道问题出在哪里。
非常感谢您的帮助，
最好，
奥雷利安
解决方法
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