将平均比较添加到绘图 + 是否可以从 KS 测试特别是在小提琴图上在 ggplot或一般为 R中显示 p 值？

编程问答 2022-05-23

问题描述

所以我正在寻求创造这样的东西：

Example Output

使用我自己的数据，特别是使用我在这里找到的 p 值：

KS test p-values

现在，我能够制作类似的东西，尽管方法不正确。具体来说，我能够使用 T 检验产生类似的结果： T test p-value

我通过编写此代码产生了这个：

l<- ggplot(VioPos,aes(x=Regulation,y=Score,fill=Regulation)) +
  geom_violin(trim=FALSE)+
  labs(title="Plot of ARE Scores by Regulation",x="Gene Regulation",y = "ARE Score")+
  geom_boxplot(width=0.1,fill="white")+
  theme_classic()
l

dp <- l +  scale_y_continuous(trans="log2")
dp



dp7 <- dp +
  stat_compare_means(comparisons=my_comparisons,method="t.test")
dp7

换句话说，我使用 ggplot2/tidyverse/ggpubr/rstatix 使用了 stat_compare_means()。

但是，如果我修改代码中的方法，它似乎可以正确显示 Wilcoxon 和 T 检验，但不能用于 anova 和 kruskal wallis 检验。此外，似乎 stat_compare_means() 只支持这四个而不是 KS，但我特别感兴趣的是将我的 KS 测试输出的均值比较绘制到我的小提琴图上。 我可以使用其他一些软件包吗？

另请注意：对于 KS 测试，“UpScorePos”“DownScorePos”等是按规定比较 ARE 分数（就像我对 T 测试中的图表所做的那样）。

解决方法

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小编邮箱:dio#foxmail.com (将#修改为@）

ggplot2ggpubrrrrstatix