如何在slurm提交中按顺序运行python脚本？

问题描述

我有一个简单的 bash 脚本，用于向队列提交多个 python 脚本——它们需要按顺序完成。这曾经适用于 qsub，但现在我使用 slurm 在集群中运行作业，python 脚本同时运行而不是顺序运行。

我正在尝试以下操作：

#!/bin/bash 
#
#SBATCH -J scrna-seq-pipeline3
#SBATCH -o scrna-seq-pipeline3.out
#SBATCH -e scrna-seq-pipeline3.err

module load python

python trimming.py -o options
python mapping.py -o options
python quality-filtering.py -o options
python feature-counting.py -o options

每个python脚本都有多个参数需要单独设置，因此我喜欢以这种方式提交它们。

是否有一种简单的解决方案可以使用 sbatch 以顺序运行的方式提交它们，即 mapping.py 仅在 trimming.py 完成后启动？

解决方法

暂无找到可以解决该程序问题的有效方法，小编努力寻找整理中！

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