问题描述
如果异常值小于 bonferroni 校正的 p 值,我会尝试识别它们。使用 ifelse(df$score
df<- data.frame("cell.id"= c(1:ncol(atac)),"count"=atac$peak_region_fragments,stringsAsFactors = FALSE)
lambda <- mean(df$count)
mypoisson$score <- ""
for (i in 1:nrow(df)){
message(i)
df$score[i] <- 1 - ppois(df$count[i],lambda = lambda)
}
bonferroni <- 0.05/ncol(atac)
df$outler <- ifelse(df$score < bonferroni,'yes','no')
bonferroni
[1] 6.52912e-06
head(df)
cell.id count score outler
99_AAACGAAAGCTACGCC-1 1 9618 1 yes
99_AAACGAAAGGCAGTAC-1 2 5142 1 yes
99_AAACGAAAGGGCGAAG-1 3 7990 1 yes
99_AAACGAAAGTCGACCC-1 4 8521 1 yes
99_AAACGAAAGTTACCAC-1 5 6444 1 yes
99_AAACGAACAAGCCTTA-1 6 11280 0.964436427969221 yes
是的... 1 肯定小于 6.52912e-06... smh
解决方法
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