问题描述
我正在使用 Bcftools 从 GVCF 文件中提取单个样本 VCF。
bcftools view -f -Oz -s Sample_name -o output_sample.vcf.gz input_file.vcf.gz
不幸的是，尽管使用了 -Oz 标志，但输出的格式似乎不是 Bgzip 压缩的。
bcftools index output_sample.vcf.gz
the file is not BGZF compressed
有人知道为什么会这样吗？
解决方法
你也可以试试
bgzip -c outputfile.vcf > outputfile.vcf.gz
并且不要忘记索引您的文件
bcftools index outputfile.vcf.gz