刻度标签的 pheatmap 离散颜色图放置

问题描述

我有一个包含数千个单元格的矩阵，其值范围为 0-5。我想使用离散调色板来指示相应单元格的值。 这段代码已经工作得很好，但颜色图标签的位置是关闭的。 我只是想要，每个刻度都在相应颜色的中心..

library("pheatmap")
library("RColorBrewer")

matrix <- round(matrix(rexp(200,rate=.1),ncol=20)/10)
color <- brewer.pal(max(matrix)+1,"Blues")
pheatmap(matrix,color=color,cluster_rows = F,cluster_cols = F)

该示例生成如下热图：

我想移动颜色条标签，所以它看起来更像这样：

如果有人知道如何做到这一点，我将非常感谢！

解决方法

您可以处理图例标签 (p$gtable$grobs[[2]]$children[[2]]) 的文本格。
标签的 y 位置定义如下：

library("pheatmap")
library("RColorBrewer")

set.seed(123)
matrix <- round(matrix(rexp(200,rate=.1),ncol=20)/10)
color <- brewer.pal(max(matrix)+1,"Blues")
p <- pheatmap(matrix,color=color,cluster_rows = F,cluster_cols = F,silent=T)

p$gtable$grobs[[2]]$children[[2]]$y

[1] sum(0*min(1npc,150bigpts),1npc,-1*min(1npc,150bigpts))
[2] sum(0.142857142857143*min(1npc,150bigpts))
    ....
[8] sum(min(1npc,150bigpts))

可以通过更改第一个 min (0,0.1428,...,1) 之前的乘法常数来修改标签位置。

# Sometimes the number of colored areas in the legend is not 
# equal to the number of labels    
N_col_areas <- length(p$gtable$grobs[[2]]$children[[1]]$y)
N_labels <- length(p$gtable$grobs[[2]]$children[[2]]$label)
yseq1 <- seq(0,1,length.out=N_col_areas)
center <- yseq1[2]/2
yseq2 <- seq(center,1-center,length.out=N_labels)

for (k in 1:(N_labels)) {
  p$gtable$grobs[[2]]$children[[2]]$y[[k]] <- 
          sum(yseq2[k]*min(unit(1,"npc"),unit(150,"bigpts")),unit(1,-1*min(unit(1,"bigpts")))
}
plot.new()
print(p)