if (k <= 0.8 && any(rr > (strwidth("W") * fsize/2))) rr <- rr/max(rr) * 中的错误

问题描述

我正在使用 phytools 包，并尝试使用 dottree 函数将额外特征的数据添加到我的系统发育树中，但出现如下所示的错误。

我试图通过更改我的数据（特征）来修复它，但出现了其他错误。有什么建议吗？

trait<-as.matrix(read.csv("C:/Torres-Ruiz/JM/Proyectos-Experim/France/2018_Variation_P50/Analyses/Phylogeny/less spp/P50vsAllHmaxRAIN_Phylogeny2.csv",row.names=1))[,2]
trait
Rhododendron hirsutum Rhododendron x intermedium Senecio filaginoides Banksia sphaerocarpa
-3.230 -1.870 -5.000 -3.700
Mulinum spinosum Rhododendron ferrugineum Rosmarinus officinalis
-5.700 -3.010 -9.402
dottree(myTree,trait)
Error in if (k <= 0.8 && any(rr > (strwidth("W") * fsize/2))) rr <- rr/max(rr) * :
missing value where TRUE/FALSE needed

解决方法

特征的名称和提示标签是否匹配？树中的标签通常包含下划线而不是空格。 例如。 match(myTree$tip.label,names(trait)) 不应包含任何 NA。否则，请提供可重现的示例。