来自 phyloseq 对象的 OTU 表无法强制转换为数据框

问题描述

我需要将我的 OTU 表从 phyloseq 对象转换为数据框，以便我可以使用它来运行 PICRUSt2，但 as.data.frame(physeq@otu_table) 不会使其成为数据框。我试过 pie<-as.matrix(physeq@otu_table)，当我说 is.matrix(pie) #it says TRUE 时，但当我说 class(pie) #it says [1] "otu_table" attr(,"package") [1] "phyloseq" 时它甚至不会假装是一个数据框：

pie<-as.data.frame(physeq@otu_table)
is.data.frame(pie)
#FALSE

在将 asv_mat 放入 phyloseq 对象之前，我不能只使用它，因为我必须从 phyloseq 对象中移除线粒体和叶绿体。这仍将在 asv_mat 中。

提前致谢

解决方法

pie<-as.matrix(physeq@otu_table)
pie<-as.data.frame(pie)

将其设为矩阵，然后保存为数据框并记住将原始矩阵保存为数据框（即 pie<-as.data.frame(pie) 而不仅仅是 as.data.frame(pie)）。

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抱歉，我没有足够的信息来正确帮助您，但是您是否尝试过使用 tidyverse 包中的 as_tibble() 而不是 as_dataframe() ？